Esteso su quasi un ettaro di terreno, il giardino alpino è il più antico tra gli esperimenti botanici e certamente il più elevato come quota. Prende il nome dal suo fondatore, l’abate Pierre Chanoux (1828-1909), per anni rettore del vicino Ospizio del Piccolo San Bernardo. L’abate propone – con un’intuizione pioneristica – non la conservazione della flora alpina in erbari, ma l’esposizione in forma vivente, in un giardino botanico. Risale al 1880 il primo progetto, poi scartato, mentre lavorando all’interno della cerchia delle sue estese conoscenze, negli anni successivi riesce a convincere botanici e membri del C.A.I. a firmare una sottoscrizione grazie alla quale il comune di La-Thuile gli cede un terreno a levante dell’Ospizio, sul quale condurre la sperimentazione. La nascita del giardino è ufficializzata qualche anno dopo. Affiancato dal vivaista ginevrino Henry Correvon e dal botanico e naturalista Lino Vaccari, destinato a succedergli nella direzione, Chanoux inaugura ufficialmente il primo giardino alpino nel 1897, al quale il botanico Vaccari aggiungerà un piccolo museo, portandolo a fama internazionale. Il giardino alpino attuale è organizzato negli anni 1976-78, dopo la distruzione completa degli edifici e delle raccolte e l’abbandono legati agli eventi bellici e raccoglie circa 1.200 specie. È ripartito in nove aree caratterizzate da altrettante varietà botaniche: le rupi silicee (con varie specie di licheni crostosi), il macereto siliceo (segnato da piante con uno sviluppo basso e a cuscinetto), le rupi calcaree (tipiche della regione alpina e con connotazioni diverse a seconda dell’altitudine e dell’esposizione), il macereto calacareo (con specie in grado di vivere con scarsa umidità) la prateria alpina naturale, il megaforbieto (con associazione di piante erbacee abituate a notevole umidità costante), l’ambiente di greto (ostile e per piante molto rustiche), la torbiera con annesso laghetto e il prato umido.