La nascita dell’Orto coincide con l’inizio dello studio della botanica, non ancora disciplina indipendente ma collegata alla medicina. Il primo Orto nasce come struttura didattica dedicata allo studio dal vivo delle piante, in particolare di quelle definite “semplici“, destinate a prodotti medicinali. Nel 1591 l’Orto viene definitivamente spostato da Giuseppe Casabona nella sede attuale, tra via Santa Maria e via Roma. In una planimetria settecentesca, risulta suddiviso in otto aiuole quadrate, con una vasca di arenaria al centro di ognuna: una impostazione ancora ibrida tra struttura scientifica e giardino d’ornamento. Alcune parcellizzazioni ne hanno successivamente modificato l’assetto, assecondando l’evolversi delle classificazioni botaniche. Attualmente l’Orto si compone di diverse aree: la Scuola Botanica, la parte più antica tardo-cinquecentesca, con sei vasche ereditate dall’impianto originario e circa 120 aiuole con piante disposte secondo criteri sistematici; l’Orto del Cedro con gli alberi più antichi; l’Orto del Mirto; il piazzale Arcangeli che corrisponde alla parte centrale; l’Orto Nuovo acquisito nel 1841 e destinato principalmente ad arboreto; l’Orto Del Gratta, aggiunto agli inizi del XX secolo, con piante montane e un laghetto con roccaglie. Nell’Orto sono presenti alcuni alberi secolari, come la magnolia (Magnolia grandiflora) e l’albero dei ventagli (Ginkgo biloba), entrambi piantati nel 1787, oltre al platano (Platanus orientalis, piantato nel 1808), il mirto (Myrtus communis, piantato nel 1815) e un albero di canfora (Cinnamomum camphora, piantato nel 1842). Di straordinaria importanza storica e scientifica sono le collezioni naturalistiche e gli erbari, collezioni di piante secche che rivestono ancora oggi un ruolo fondamentale nelle ricerche sulla diversità vegetale.