La villa viene costruita tra il 1535 e il 1542 come dimora di villeggiatura del vescovo di Padova, Francesco Pisani. Il progetto è affidato al pittore e architetto veronese Giovanni Maria Falconetto e ai lavori sovrintende il patrizio veneziano Alvise Cornaro, promotore peraltro di importanti opere di bonifica nella campagna veneta. Si tratta di una villa “all’antica”, un’architettura direttamente ispirata alle forme e gli ideali della classicità, portati per la prima volta nella campagna veneta. In anticipo sulla stagione palladiana, la villa è costruita sulla sommità di un piccolo colle e in essa si realizza uno straordinario gioco di rimandi fra l’architettura e il paesaggio circostante, la cui visione privilegiata avviene attraverso le logge. Gli affreschi, realizzati dal pittore fiammingo Lambert Sustris, perpetuano l’intreccio fra interno ed esterno, e proprio nelle logge affrescate con pergole e tralci di vite hanno il loro culmine.
Attraverso i documenti di Sei e Settecento conosciamo l’antica consistenza della corte all’italiana e del brolo agricolo, che si conservano ancora oggi nella loro integrità. La corte d’ingresso, delimitata da mura perimetrali con tre portali, era suddivisa in quattro riquadri erbosi attorno ai quali vi erano piante in vaso. Il restauro del FAI ne ha ripristinato il disegno, mantenendo in uno degli spazi un pozzo e un esemplare secolare di tasso. Dalla terrazza sud si accede al brolo, diviso in varie aree tra il marascheto, il frutteto antico, il vigneto e il laghetto.