La villa divenne per volere del pontefice Paolo V Borghese il fulcro di un ambizioso progetto territoriale per monumentalità, estensione e attrattive, destinato a competere in grandiosità con Villa Aldobrandini che aveva occupato la posizione più centrale e visibile nell’anfiteatro dei colli tuscolani.
Il nome deriva dal drago dello stemma di papa Gregorio XIII Boncompagni, al quale il proprietario, il cardinale Marco Sittico Altemps, aveva dedicato la villa, fatta costruire da Martino Longhi il Vecchio nell’ultimo quarto del XVI secolo, fastosa sede di ripetuti soggiorni estivi del papa. Acquistata dal cardinale Scipione Borghese nel 1613, ampliata e adeguata al gusto barocco, divenne il nucleo centrale del cosiddetto “Stato Borghesiano” che comprendeva anche Villa Vecchia e Villa Taverna Borghese, acquistate successivamente. Il complesso era la residenza estiva dei Borghese: a Mondragone era ospitato il pontefice con la sua corte, a Villa Taverna il cardinale Scipione, a Villa Vecchia la servitù. I tre edifici erano immersi in un vastissimo parco con giardini formali, coltivi e boschi. La già paludata residenza di Mondragone fu ampliata fino a sembrare una reggia e l’architetto Giovanni Vasanzio vi aggiunse numerosi arredi e sistemazioni originali, quali un maestoso “Teatro delle acque” a esedra con cinque nicchie ed effetti scenografici e illusionistici. I muri erano ricoperti da spalliere di agrumi e le aiuole di un giardino segreto esibivano fiori pregiati e rari, in particolare bulbose. Il prospetto dell’edificio a valle, imponente anche grazie al dislivello del terreno, affaccia su uno spiazzo terrazzato abbellito da una fontana che poggia su un alto basamento. Da qui si gode una bella vista sul lungo viale di accesso sottostante, bordato da cipressi, e sulla campagna circostante.